Vodonepropusni sedimenti su smješteni ispod dobropropusnih i jako okršenih naslaga karbonatnih stijena, u proširenom dijelu Velike Paklenice, Brezimenjače i u izvorišnim dijelovima Male Paklenice te povremenog toka Orljače.

Zbog toga u Nacionalnom parku Paklenica postoji nekoliko stalnih ili povremenih tokova i mnogo stalnih izvora. Stalni izvori pitke vode, koja se odlikuje izvrsnom kakvoćom, jesu Stražbenica, Kontinovo vrilo, Crno vrilo i Pećica.
Najjači izvor Velike Paklenice je vrelo Ivine vodice, na nadmorskoj visini od oko 1200 m, zatim Kontinovo vrilo na 870 m, Crno vrilo na 780 m i Jukića vrilo na 600 m. Iznad Ramića je izvor Vratrovac, a izvor povremenog vodotoka Brezimenjače je na otprilike 1000 m. Na istoj je visini izvorište Suve drage.

Potok Velika Paklenica obično ponire na području ispod Anića luke. Cijelom svojom duljinom protječe do ušća u more tijekom kišnog razdoblja u proljeće, jesen i zimu.

Vodotok Male Paklenice izvire iznad Vlaškogradske drage na oko 1 000 m, manjeg je kapaciteta, a ovisi o godišnjem dobu i oborinama. Vodotok postupno ponire do sutoka Orljače, a u kanjonu je potok aktivan za kišnih jeseni, zime i ranog proljeća, kada mu se na koti od 484 m ulijeva bujični tok Orljače koja izvire ispod obronaka Svetog brda.
Na području Velikih Močila nalazi se ograđeni izvor Staro vrilo s još nekoliko cijednica. Njih ima i na lokalitetu Mala Močila, ali u vlažnijim dijelovima godine. U vršnoj zoni Velebita stalne nakupine vode su u Babinu jezeru ispod Babina vrha.