Auf dem Gebiet des Nationalparks Paklenica, welcher sich auf der Fläche von 95 km² erstreckt, unterscheidet man 8 Waldgemeinschaften. Die Vielfalt des Waldwachstums auf dem relativ kleinen Raum ist durch eine breite Spanne von Meereshöhen (20-1757 m ü M) bedingt, sowie durch verschiedene geologische Untergrunde und das Vorhandensein dauerhafter und vorläufiger Flüsse in einzelnen Parkteilen.

In den höchsten Gipfeln des Nationalparks, erstreckt sich die Waldgemeinschaft des Bergkiefers mit der Heckenkirsche (Lonicero-Pinetum mugi). Das ist der kompakteste und mit seiner Fläche der  größte Bergkieferwald in Kroatien. Absteigend von den höchsten Gipfeln entwickelt sich eine subalpine Buchenwaldgesellschaft (Ranunculo platanifoliae-Fagetum). Teilweise wächst er voll entwickelt und mit gemeindetypischen Pflanzenarten, an steileren Hängen wachsen die Bäume aufgrund längerer Schneelage und extremer Steilhänge krumm.

Auf dem sauren Boden, welcher durch die Erosion alter Quarzklasten entsteht, entwickelte sich ein anderer Buchenwald (Luzulo-Fagetum), in deren Kräuterpflanzenbestand die Hainsimse (Luzula sp.) dominierend ist. Hier sind keine Gebüsche zu finden – auf dem Boden befindet sich eine Moosschicht, weswegen der Boden leicht erscheint, und der Moss gewährt ausreichende Feuchte für die reiche Bodenfauna. 

Dauerhafte und vorläufige Flüsse auf dem Gebiet von Paklenica trugen der Entwicklung der Gemeinschaft des Buchenwaldes mit der Taubnessel (Lamio orvale-Fagetum sylvaticae) bei. Diese Waldgemeinschaft erstreckt sich westlich von der Berghütte, den Bach Brezimenjača entlang und ostwärts von der Berghütte über Klimenta. 

An den Hängen, wo der Einfluss eines etwas wärmeren Klimas vorherrscht, entwickelt sich der sogenannte klimatogene thermophile Buchenwald mit Herbst-Segge (Seslerio autumnalis-Fagetum). In den wärmeren und trockeneren Lagen dieser für den Buchenwuchs unerwünschten Standorte grenzt die Gemeinde an die Schwarzkiefernwälder und geht in höheren Langen meist direkt in den subalpinen Buchenwald über.

Der Nationalpark Paklenica hat seinen besonderen Status dem Schwarzkieferwald zu verdanken, welcher auf skelettartigen und trockenen Böden wächst. Die Zone des Schwarzkieferwaldes mit der Felsenbirne (Cotoneastro- Pinetum nigrae) erstreckt sich bei 700 bis 1200 m ü.M. Der Schwarzkiefer (Pinus nigra L.) bevorzugt einen Boden, der mehr säurehaltig ist, als der Kalksteinboden im großen Teil des Parks, weswegen die schönsten Schwarzkieferwälder auf dem Dolomit-Boden zu finden sind. In die Schicht des niedrigen Bewuchses, von welchem der Schwarzkiefer begleitet ist, zählt in der Regel auch die Winterheide (Erica herbacea), welche früh im März blüht. Deswegen sind die Schwarzkieferwälder im Spätwinter besonders attraktiv.

In geringeren Höhen sind auf den kalkhaltigen Böden zwei Waldgemeinschaften zu finden: Querco-Carpinetum orientalis und Aristolochio luteae-Quercetum pubescentis.

Viele Tierarten fanden ihren Lebensraum in den Wäldern des Nationalparks Paklenica – die kleinsten Tierarten wie beispielsweise 42 Ameisenarten (Formicidae) und die großen Säugetiere wie beispielsweise der Bär (Ursus arctos), der Hirsch (Cervus elaphus), das Reh (Capreolus capreolus), der Wolf (Canis lupus), sowie die kleineren Säugetiere wie die Marder (Martes martes und Martes foina), die Frett (Mustela nivalis), der Dachs (Meles meles), der Fuchs (Vulpes vulpes) und die Wildschweine (Sus scrofa), deren Spuren im Winter neben dem Hauptweg leicht erkennbar sind – auf der Suche nach Steckzwiebeln und Wurzeln durchwühlen sie den Boden. Die Siebenschläfer (Myoxus glis), Eichhörnchen (Sciurus vulgaris) und Mäuse bewohnen auch die Wälder von Paklenica. In den Buchenwäldern gibt es viele Fledermäuse – die Baumhöhlen dienen ihnen oft als sichere Zufluchtsorte.