La richesse de la flore se traduit en une liste de 1000 espèces et sous espèces de plantes recensées à ce jour, 79 d’entre elles sont endémiques. Cette grande diversité, la présence d’espèces reliques, endémiques, rares, ayant le statut d’espèces protégées dont la majeure partie se retrouve dans le Livre Rouge des Espèces de Plantes de la République de Croatie ainsi que dans la Liste Rouge de l'Union Internationale pour la Conservation de la Nature, font du Park une ressource botanique inestimable de Croatie, mais aussi d’Europe et du monde entier. Les genres suivant se trouvent en quantité dans le parc: marguerites (Asteraceae et Cichoriaceae), les grasses (Poaceae), légumes (Fabaceae), menthes (Lamiaceae), roses (Rosaceae) et camassions (Caryophyllaceae).
La dégradation et l’érosion des roches dus au soleil, à la glace, à l’eau et à la température sous les falaises abruptes et sommets tels que Buljma ou Vaganski vrh engendre une humidification des roches. Seulement un nombre réduit d’espèces peuvent survivre dans ces habitats karstiques à la surface mouvante, d’autant plus que les roches brisées sont de tailles très différentes. Beaucoup d’espèces endémiques poussent dans ces endroits où l’eau suinte de la roche, telles que l’Ancolie de Kitabel (Aquilegia kitaibelii), Seseli malyi, la Linaire des Alpes (Linaria alpina – espèce relique), et les rependues paronychia (Paronychia kapela).
Aquilegia kitaibelii
Les failles à l’intérieur des roches ont des conditions climatiques très spécifiques, ce qui a permis à de nombreuses plantes de survivre à la dernière période de glaciation. Ceci explique pourquoi un nombre important d’espèces endémiques peut être trouvé dans de tels habitats karstiques. On peut compter parmi ces espèces, une grande variété de campanules (Campanula fenestrellata ; la Campanule croate - Campanula cochleariifolia; la Campanule de Waldstein - Campanula waldsteiniana) et des Sablines (Arenaria orbicularis) qui ne pousse que dans les gorges de Velika et Mala Paklenica et nulle part ailleurs au monde.
Campanula fenestrellata
Arenaria orbicularis
Les parties rocheuses sont parsemées d’espèces rares en danger telles que la Tulipe sauvage (Tulipa sylvestris), le Daphné alpin (Daphne alpina), la Veuve-céleste (Globularia cordifolia), le Rhamnus intermedia et le Muscari à toupet (Muscari botryoides).
Lilium carniolicum ssp. bosniacum
Les colonies qui se sont développées dans les dolines où la neige stagne pour de longues périodes, la grande diversité de leurs espèces et de leurs couleurs en font les plus belles formations florales du Parc. Parmi les plus nombreuses on compte des Lys jaunes et oranges (Lilium carniolicum), les thyms (Thymus sp.), la Grande Astrance (Astrantia major), la Biscutelle commune (Biscutella laevigata). Les parties inférieures du Parc, Velika Mocila et Mala Mocila, regorgent d’étendues humides et de terres entretenues, riches en orchidées le printemps venu.
Cypripedium calceolus